SOME SPECIFIC APPLICATIONS

More elaborate analyses have been done on

• the avoidance of palindromes in E. coli,
• the over-representation of the CHI motif in E. coli,
• the codon bias and its effect in E. coli and B. subtilis.

You can find these analyses described in:

• Schbath, S. Prum, B. and Turckheim É de. (1995). Exceptional motifs in different Markov chain models for a statistical analysis of DNA sequences. J. Comp. Biol., 2 417-437.
• Schbath, S. (1995). Étude asymptotique du nombre d'occurrences d'un mot dans une chaîne de Markov et application à la recherche de mots de fréquence exceptionnelle dans les séquences d'ADN, Thèse de l'Université René Descartes, Paris V

Finding words with unexpected frequencies in DNA sequences. 11.9.98 Page: 20 of 21